Stefan Batan började, liksom Kennedy Bakircioglu och Nahir Besara, spela fotboll i Assyriska FF. Efter två A-lagssäsonger i Superettan uppstod dragkamp mellan AIK och Djurgården, där den sistnämnda föreningen till sist gick vinnande ur striden. Vänsterbacken, som gärna följer med upp i banan och även kan agera yttermittfältare, gjorde knappa tre säsonger på Olympiastadion och noterades för 41 allsvenska framträdanden.

Sommaren 2008 återvände Batan till AFF, där han var en nyckelspelare och dessutom bar kaptensbindeln. Den 2 januari 2014 presenterades Batan som Hammarby-spelare, och den här gången var det allsvenska Örebro SK som fick dra kortaste strået.

Med sin oerhörda kondition och hundraprocentiga inställning blev 29-åringen snabbt en publikfavorit också i Bajen. Batan deltog i 27 seriematcher under 2014 och under klubbens återkomstsäsong i Allsvenskan spelade Batan 19 matcher, varav 18 från start.